Se evaluó la calidad microbiológica del agua de los ríos Manaure y Casacará (departamento del Cesar, Colombia) durante la temporada de lluvias y de sequía. Se estimaron las concentraciones de coliformes totales, coliformes fecales, enterococos fecales, Pseudomonas aeruginosa y Salmonella a través del método del Sustrato Definido. Los valores de coliformes totales y coliformes fecales se compararon con la normatividad colombiana (Resolución 2115 del 2007 y Decretos 1594 del 1984 y 3930 de 2010). Los resultados de los parámetros microbiológicos evaluados fueron variables para ambos ríos en las dos épocas climáticas, siendo mayores en la temporada de sequía. Se determinó que la presencia de las bacterias indicadoras de contaminación fecal y potencialmente patógenas en los ríos estudiados se debe a los vertimientos aledaños de aguas residuales domésticas, agrícolas y asentamientos humanos que condicionan la calidad y el uso de recurso hídrico establecido por la normatividad colombiana.