El objetivo del estudio es proponer un método para analizar en conjunto la gestión en ciencia, tecnología e innovación de las universidades, gobierno y empresa privada. La metodología integra un sistema de ecuaciones econométricas, de acuerdo con conceptos de la literatura económica y administrativa, observando indicadores de línea base. Los hallazgos, en particular para Boyacá-Colombia, muestran integración tripartita en investigación entre los grupos activos de investigación para la producción científica, los proyectos Colciencias como retornos de inversión en actividades científicas, y la oferta de programas de las universidades para producir patentes. Estos resultados pueden ser asequibles para rediseñar políticas de investigación y desarrollo.