El agua es un recurso indispensable para la vida agricola, ganadera e industrial, sin embargo debido a las actividades antropicas como la mineria; este recurso se ha visto afectado por problemas de contaminacion. Dentro de estos contaminantes se encuentran los metales pesados, cuyo interes principal es debido a su alta toxicidad en bajas concentraciones para el medioambiente y la salud. Ante esta situacion, surge la necesidad de implementar nuevas alternativas, con las cuales se puedan obtener resultados rapidos, a bajo costos, y que contribuyan a la proteccion del ambiente. Una de estas tecnicas es la biorremediacion que implica el uso de organismos vivos; las bacterias endofitas, que habitan dentro de los tejidos de las plantas sin causar ningun dano, tienen la capacidad de resistir concentraciones de metales pesados. Se realizo muestreo de diferentes macrofitas presentes en la cienaga de Ayapel en Cordoba, para cada macrofita se realizo separacion de cada tejido y se sometieron a proceso de desinfeccion superficial, realizo el aislamiento de las endofitas, obtenidas de raiz, tallo y hoja de las diferentes macrofitas. Asi mismo, se determino densidad poblacional por tejido, seguidamente se purificaron y se utilizaron para evaluacion in vitro la actividad de resistencia a Ni y Hg, con diferentes concentraciones de los dos metales. Las bacterias que presentaron resistencia a los metales se les evaluo la actividad promotoras de crecimiento. Dentro de los aportes de esta investigacion se encuentra el uso de bacterias endofitas aisladas de macrofitas acuaticas como alternativa biologica para remediar mercurio y niquel.