Las plantas asintomáticas son reservorios de patógenos, ya que pueden permanecer infectadas la mayor parte de su ciclo de desarrollo, convirtiéndose en fuente de contaminación para el resto del cultivo. El objetivo de este estudio fue evaluar un método de detección y discriminación de dos cepas de Fusarium oxysporum en tomate usando espectroscopia. La enfermedad en las plantas de tomate inoculadas con la cepa aislada de gulupa (F05) fue mayor a la observada en la cepa aislada de tomate (F07), presentando valores de 60,0% (11 días) y 81,8% (22 días); la cepa F07 presentó incidencias de 30,0 y 64,3% en ambas mediciones. La planta infectada con la cepa F05 fue mejor discriminada en el periodo de incubación de la enfermedad en ambos periodos de tiempo en los Análisis de Componentes Principales (PCA) y Análisis Discriminantes Lineales (LDA) realizados con los controles en comparación con la cepa F07. Estos resultados sugieren que la espectroscopia de reflectancia VIS es un método sensible y confiable que puede ser adecuado para el diagnóstico temprano de enfermedades en plantas.