El objetivo del presente trabajo fue caracterizar el polimorfismo de nucleótido simples 316 y 4751 del gen CAPN y 2959 y CAST1 del gen CAST en la raza bovina criolla colombiana Hartón del Valle. Se genotiparon mediante PCR-RFLP 126 individuos para los cuatro loci. Todos los marcadores fueron polimórficos. El genotipo CC del locus CAPN-316 y el heterocigoto en los otros tres loci tuvieron mayor frecuencia. Las frecuencias de los alelos asociados positivamente con calidad de la carne fueron de C= 21.8 ± 17.5% en CAPN-316, C = 48.4 ± 10.1% en CAPN-4751, T = 52.5 ± 11.4% en CAST-1 y A = 65.1 ± 15.5% en CAST-2959. En todo los loci la Ho (0.599 ± 0.248) fue más alta que la He (0.410 ± 0.081) con valores negativos de FIS y FIT y con desviaciones de EHW solo en CAPN-4751. El valor de FST fue de 0.048 (p < 0.05) y el AMOVA mostró que la variación en estos loci se debía en mayor parte a los individuos (97%). Lo anterior puede ser indicativo de que esta raza presenta predisposición genética para la producción de carne con perfiles de calidad.