Un análisis de la relación presentada entre la forma en que un sistema complejo hace emergente reglas de comportamiento entre sus diferentes agentes o como los sistemas de información son alterados por efectos de esquemas heredados, permite definir las bases o principios científicos del cómo se establecen dichas emergencias y/o esquemas, es decir, realizar lo que hoy día se conoce como ciencia basada en diseño. En este artículo se presentan los fundamentos básicos de los sistemas complejos y de la ciencia basada en diseño, en los que mediante la construcción de un agente robótico como herramienta, se establece el puente entre ambas "filosofías", concluyendo el cómo el análisis e interpretación de un sistema complejo deriva en ciencia basada en diseño, que puede ser empleada para aplicaciones de ingeniería de sistemas complejos.