Durante los meses de octubre y diciembre del año 2016, en el municipio de San José del Fragua (Caquetá-Colombia); se realizó un estudio sobre la identificación de la biodiversidad de macroinvertebrados acuáticos y su papel como bioindicadores de calidad del agua. Se establecieron 3 estaciones de monitoreo, con un total de 13 puntos de muestreo. Las variables físicas (temperatura, conductividad) y químicas (pH, STD, %OD) se evaluaron con un multiparámetros (Hanna), las muestras biológicas se recolectaron con redes surber (área muestreada 0,36 m2; ojo de malla 500 µm), redes de pantalla (área muestreada 1,6 m2; ojo de malla 350 µm) y redes D (área muestreada 0,9 m2; ojo de malla 500 µm), encontrándose 1357 individuos distribuidos en 13 órdenes y 36 familias, siendo el orden Trichoptera el más diverso con 9 familias (Glossossomatidae, Leptoceridae, Hydropsychidae, Odontoceridae, Calamoceratidae, Helicopsychidae, Philopotamidae e Hydroptilidae). La calidad biológica del agua se determinó implementando el índice BMWP/Col que arrojo resultados de aguas de buena calidad (Clase I). Concluyendo que el estado del agua del río Fragua Chorroso presenta buena calidad, con excelente capacidad de auto-depuración y apta para ser preservada y utilizada como un recurso para la conservación de la flora y fauna de la zona así como fuente abastecedora para el consumo human.