La determinacion de la huella de carbono (HC), se realizo con el fin de conocer el aporte de Gases Efecto Invernadero (GEI) por el sistema de produccion cafetera y que este sirva como indicador para la toma de decisiones en el manejo integral de la produccion de cafes especiales, para el sur del departamento del Huila. La metodologia se baso en la Norma Tecnica Colombiana NTC – 5947, valorando la HC con base en las remociones y emisiones de GEI y su unidad funcional. Para las remociones se utilizo la cubicacion como herramienta de medicion, generando modelos no lineales con base en el tiempo cronologico y transformandolas a dioxido de carbono equivalente (CO2eq). Las emisiones se obtuvieron por medio de un instrumento de caracterizacion aplicado a 505 predios cafeteros de dieciseis asociaciones en la zona de estudio. Se midieron variables alometricas para evitar muestreos destructivos posteriores. Los resultados evidenciaron que la variable diametro del tallo medido a 15 centimetros del suelo, muestra el mayor ajuste para predecir la biomasa de las plantas de cafe. Ademas la HC con base en las remociones es de 11,94 kilogramos de CO2eq capturado por cada kilogramo de cafe pergamino seco (c.p.s) producido y las emisiones de 2,17 kilogramos de CO2eq emitido a la atmosfera por kilogramo de c.p.s producido. Las actividades con mayores emisiones de GEI fueron la fertilizacion nitrogenada, el transporte y el consumo de combustibles fosiles.