Con el objetivo de analizar la diversidad genética de la población de gatos (Felis catus) de la ciudad colombiana de Mompox, Bolívar, se estudiaron los genes: Orange, Agouti, Tabby, Dilution, Long Hair, Spotting White Dominant White, Manx y Siames para 200 gatos en cinco barrios de la ciudad. Mompox presentó frecuencias alélicas que oscilaron entre 0.678 y 0.003 para los marcadores Non-agouti y Manx, respectivamente. Los marcadores Spotting White y Long Hair mostraron la mayor diversidad; el marcador Orange presentó desequilibrio en dos poblaciones: Seis de Agosto y Faciolince, mientras que Spotting White se mantuvo en equilibrio de Hardy-Weinberg. Se halló una alta diferenciación genética entre las poblaciones (GST= 0.1283). En Mompox se presentó una asociación de las poblaciones atendiendo a la fecha de sus fundaciones. En el Caribe colombiano, las poblaciones se agruparon conforme a los estamentos políticos erigidos desde la colonización y conforme a las épocas de las fundaciones de las ciudades; además, se agruparon por su cercanía geográfica.