Se evaluó la influencia de prácticas agroecológicas sobre micorrización y rendimiento del intercultivo maíz-soya, en un Typic Haplustert del Centro Experimental de la Universidad Nacional de Colombia (Candelaria - Colombia). En 2011-II, se sembró Mucuna pruriens - maíz cuyos residuos vegetales se usaron como abono verde (AV) o acolchado orgánico (AO). En 2012-I, se sembró en rotación maíz- soya en un diseño experimental en parcelas divididas (AV, AO) y barbecho natural (BA), con tres réplicas. Se usó compost, fertilizante NPK (15-15-15) y un control sin fertilización, en subparcelas. En floración, se evaluó la longitud micelial de hongos micorrícicos arbusculares (HMA) en la raíz, y su aporte de P a la planta. Finalmente, se estimó el rendimiento de grano seco. Se observó que el AO incrementó significativamente (p<0,05) la actividad de HMA (29,7%) y el rendimiento en soya, por liberación gradual de nutrientes. El uso de NPK en subparcelas redujo la actividad de HMA comparado con el manejo sin fertilización adicional, afectando la disponibilidad de P en el intercultivo por esta vía simbiótica. El análisis de componentes indicó que el uso de AO, con o sin compost, benefició tanto la actividad micorrícica como la productividad del intercultivo maíz- soya. Estos resultados muestran las bondades del uso de prácticas agroecológicas sobre la sostenibilidad del recurso suelo y la productividad de cultivos tradicionales.