Objetivo Identificar aislamientos de Fusarium en pacientes con micosis por medio de las técnicas moleculares de PCR y secuenciación.Métodos Se tomaron 101 muestras de pacientes con micosis sintomática, entre los años 2004 y 2006. Para la detección de aislamientos como pertenecientes al género Fusarium, se amplificó parcialmente por PCR la región 28S del DNAr; y posteriormente —para la detección de la especie de Fusarium— se utilizaron cebadores específicos para F. oxysporum y F. solani. La verificación de la identidad de la especie de los aislamientos se hizo por secuenciación parcial de los genes 28S DNAr y TEF1-α.Resultados El total de 101 aislamientos fueron detectados como pertenecientes al género Fusarium utilizando un cebador universal de la region 28S DNAr; 52 y 29 aislamientos se detectaron como F. oxysporum o F. salani, respectivamente con los cebadores específicos, y la secuenciación parcial de los genes 28S rDNA o TEF1-α confirmó la identidad de las especies.Conclusión La secuenciación parcial del gen TEF1-α es aún el mejor marcador molecular para identificar aislamientos de Fusarium a nivel de especie. Sin embargo, en la mayoría de los casos es posible discriminar entre aislamientos de F. oxysporum y F. solani por PCR con cebadores específicos, lo que proporciona una ventaja importante considerando la simplicidad de la técnica y el rápido diagnóstico.