Introduccion: el estres cronico y la ausencia de adecuados mecanismos de afrontamiento predisponen a presentar problemas de disregulacion emocional, tales como depresion y ansiedad, ademas de efectos deletereos en la salud cardiovascular. La formacion medica ha sido relacionada con la presentacion de estres cronico y sus efectos. Objetivo: caracterizar los niveles de estres, salud mental y su asociacion con variables psicologicas, fisiologicas y de educacion en estudiantes de medicina colombianos. Metodo: estudio transversal con 217 estudiantes seleccionados aleatoriamente, estratificando segun el ciclo academico. Se aplicaron el Cuestionario de estres percibido (PSS14), Cuestionario de salud (PHQ-9) para depresion, cuestionario de ansiedad generalizada (GAD 7), Cuestionario de Apoyo Social (MOS-SSS) y cuestionario de estrategias de afrontamiento modificado; asi como medidas fisiologicas y un registro de actividades extracurriculares. Resultados: Se presentaron niveles altos de estres (64%), depresion (56.2%) y ansiedad (48.3%). Mediante una regresion logistica bivariada se encontro que ser mujer (OR 2.64, I.C. 95% 1.29–5.39), estar en el ciclo basico (OR 0.38, I.C. 95% 0.19–0.78), no realizar actividades extracurriculares (OR 2.14, I.C. 95% 1.05–4.36), bajas puntuaciones en solucion de problemas (OR 0.93, I.C. 95% 0.89 – 0.93), altas en reaccion agresiva (OR 1.13, I.C. 95% 1.05–1.22) y expresion de dificultad de afrontamiento (OR 1.17, I.C. 95% 1.04–1.30) fueron factores de riesgo para el estres y sintomas emocionales. Conclusiones: la prevalencia de estres y trastornos emocionales en estudiantes de medicina es importante; por esto es necesario llevar a cabo programas de intervencion, orientados a fortalecer la realizacion de actividades extracurriculares y un afrontamiento activo del estres.