En este artículo presenta un estudio sobre las dificultades que provocan la deserción de los estudiantes en los equipos de investigación formativa en educación superior. El método aplicado fue estudio de casos cualitativo; se utilizó para la recolección de datos las entrevistas, análisis de documentos, la observación y las notas de campo. Dentro de los hallazgos de la investigación se encontró que: la deserción o desintegración de un equipo de investigación desencadena serios problemas en la investigación formativa; los estudiantes tienen dificultades de investigación para, por ejemplo, la búsqueda de información; en el trabajo en equipo, por ejemplo, presentan problemas de convivencia.