La incompatibilidad entre las políticas energéticas y aquellas ambientales está marcando la historia de la administración pública de los recursos naturales durante el nuevo milenio, particularmente en la región latinoamericana. Este artículo, contrastando los objetivos de las políticas energéticas respecto a aquellos de las políticas ambientales, plantea que la innovación en gobernanza debería considerar articulaciones, en un contexto multinivel policéntrico de impacto local-global. A nivel metodológico conceptual este escrito presenta el enfoque de “gobernanza multinivel”, el modelo de “Administración estratégica de nichos tecnológicos” y el concepto “innovación en gobernanza” como para la implementación de dichas sinergias. Este artículo concluye explorando la integración entre sectores gubernamentales, nichos tecnológicos y conocimiento ecológico local, como coalición clave para avanzar en la articulación intersectorial de las políticas públicas mencionadas.