Objetivo: se realizó un estudio descriptivo de tipo exploratorio, que buscó dar cuenta de las condiciones de implementación de la estrategia Escuelas Saludables en las instituciones educativas del departamento de Chocó y elaborar un modelo de la estrategia adaptada para población indígena y afrocolombiana.Metodología: se hizo un proceso participativo, dividido en dos momentos: recolección, procesamiento y análisis de información que aportó elementos para la construcción del modelo.Resultados: se diseñó de manera participativa el modelo de Estrategia de Escuelas Saludables para población indígena y afrocolombiana, el cual propone dos rutas, una para las instituciones educativas y otra para generar alianzas intersectoriales e interinstitucionales para la promoción de escuelas saludables, cada ruta contiene cinco pasos; adicionalmente se capacitó a las personas participantes en el modelo propuesto.Conclusiones: la Estrategia Escuelas Saludables aporta elementos fundamentales para el desarrollo humano, para la promoción de la salud en el ámbito escolar y, por ende, para el mejoramiento de la calidad de vida de las comunidades indígenas y afrocolombianas.[Hernández A, Mantilla B, Rincón A, Hakspiel M, Velasco C, Oviedo M. Experiencia de escuelas saludables en población indígena y afrocolombiana en el departamento de Chocó. UstaSalud 2014; 1: 32 - 38]