Health research can produce valuable insights to guide interventions offered to individuals and human groups. However, it requires specific precautions to protect potentially vulnerable subjects, such as indigenous populations. It has been recognized that there has been unethical conduct in research -from the international authorities responsible for outlining ethical standards for research projects- with regards to indigenous peoples. This article presents and discusses national and international guidelines to regulate research involving indigenous peoples. In summary, respect for the autonomy and for the own knowledge are rights that must be met to carry out scientific research with indigenous peoples. In addition to the informed consent, the process of consultation and agreement allows adequate contextualization in relation to the problems, needs, and benefits of research in these populations.La investigación en salud puede producir conocimientos valiosos para orientar las intervenciones de este tipo ofrecidas a individuos y grupos humanos. No obstante, requiere de especificidades para preservar del daño a sujetos de especial protección ante la ley, tales como las poblaciones pertenecientes a etnias indígenas. Por parte de las autoridades internacionales encargadas de trazar normas éticas para proyectos de investigación, se han reconocido conductas científicas poco éticas en investigaciones que involucran a pueblos indígenas. Por esta razón, se han proclamado principios sobre bioética de aplicación internacional para estos grupos poblacionales. Este artículo presenta, analiza y discute posicionamientos del orden nacional e internacional al respecto. En suma, el respeto por la autonomía y la defensa del conocimiento propio son derechos que deben cumplirse y ser tenidos en cuenta al momento de realizar investigaciones científicas con pueblos indígenas. Además del consentimiento informado individual y comunitario, el uso del proceso de consulta previa y concertación permite obtener una adecuada contextualización respecto a las perspectivas, marcos y conceptos a partir de los cuales se realizará la investigación; así como las problemáticas, necesidades y beneficios de la investigación en estos grupos poblacionales.