El modelo hibrido AMBER/PM3permitió determinar las propiedades estructurales del 5FU e imiquimod individualmente y después de la adsorción en hidrogeles de quitosano entrecruzados con genipina, respectivamente. Se observó que la energía libre de Gibbs (ΔG) disminuye con la adsorción, sin embargo, en ambos procesos se encontró estabilidad termodinámica y espontaneidad; ΔG fue verificado mediante el incremento en los momentos dipolares. Por otro lado, el coeficiente de partición estableció el carácter hidrofìlico con respecto al agua presente en el hidrogel, el cual aumenta con la adsorción. El FTIR evidenció que existen desplazamientos en las señales. Se observaron las bandas de puente de hidrógeno, atribuidas a la formación de enlaces, para realizar la adsorción de los fármacos. La adsorción fue verificada mediante los MESP y los análisis de superficie, en donde se apreció la distribución de zonas nucleofílicas y electrofílicas.