El objetivo del estudio fue determinar la prevalencia de leptospirosis canina e identificar factores asociados con la infección en una población indígena Kamentsá del departamento de Putumayo, Colombia. Se evaluaron 154 caninos de ambos sexos localizados en el área rural del Valle de Sibundoy. Se identificaron variables demográficas, sanitarias y de tenencia responsable mediante una encuesta estructurada. Se colectaron muestras de sangre a los canes y se procesaron mediante la técnica de microaglutinación macroscópica (MAT) usando un cepario de referencia conformado por 24 serogrupos de Leptospira. La prevalencia de anticuerpos contra Leptospira sp fue de 79.9%. Los serogrupos más frecuentes fueron Gripotyphosa (10.2%), Hursbridge (8.4%), Sarmin y Australis (7.2%), Canicola (6.8%) y Tarassovi (6.4%). Los factores de riesgo asociados fueron la edad del canino, la presencia de aguas servidas y la tenencia de más de un canino en la vivienda (p<0.05). En conclusión, la alta prevalencia de anticuerpos contra Leptospira sp en los caninos sugiere que existe un riesgo potencial de transmisión de la bacteria al hombre y, por tanto, es necesario fortalecer las medidas de promoción, prevención y vigilancia por parte de las autoridades de Salud Pública.