La uchuva, Physalis peruviana L. es un frutal tropical nativo de la region Andina, que presenta metabolitos primarios y secundarios que le confiere propiedades antioxidantes, anti-inflamatorias y anticancerigenas. Actualmente es el segundo frutal de exportacion en Colombia, siendo Boyaca uno de los departamentos que mas contribuye a la produccion nacional. Por lo cual el objetivo de esta investigacion fue caracterizar la diversidad genetica de la uchuva en el departamento de Boyaca. Se realizo una colecta de 15 materiales silvestres de P. peruviana en los municipios de Paipa, Combita, Tuta, Sotaquira, Santa Rosa de Viterbo y Tunja y fueron caracterizados con siete marcadores microsatelites RAMs. El analisis mediante el coeficiente de Nei-Li a un nivel de similitud de 0,65 diferencio a la poblacion en tres grupos de acuerdo al sitio de procedencia de los materiales. El valor de heterocigosidad promedio fue de 0,27 el cual se considera bajo en comparacion con otros estudios de diversidad genetica. El Analisis de Varianza Molecular (AMOVA) y el Fst muestran la existencia de variabilidad genetica a nivel intraespecifico la cual debe ser conservada y aprovechada en el mejoramiento genetico que permita la obtencion de materiales adaptados, con caracteristicas agronomicas, nutricionales y medicinales de alta calidad.