Objetivo. Describir los trastornos emocionales y su relación con el rendimiento académico en los estudiantes de la facultad de odontología de la Universidad Cooperativa de Colombia, sede Medellín, Envigado. Métodos. Se realizó un estudio transversal, en 140 estudiantes seleccionados aleatoriamente, a quienes se les realizó una encuesta con información sociodemográfica, de rendimiento académico y se les aplicó un instrumento validado para medición de los trastornos emocionales. Se realizó un análisis univariado y bivariado, usando la prueba chi-cuadrado para la significancia. Resultados. Participaron 140 estudiantes, la edad promedio fue 22,5 años, la mayoría mujeres 55,7 %. En general el promedio de los estudiantes fue de 3,79 con una desviación estándar de 0,33 una mínima de 3,0 y una máxima de 4,5. Principalmente se encontró un mayor porcentaje del trastorno depresivo en un 18,6 % y de ansiedad en 13,6 % y no se encontró asociación con significación estadística entre los trastornos emocionales y el rendimiento académico, según la prueba chi-cuadrado (p: ≥0,05). Conclusión. Los trastornos emocionales más frecuentes en los estudiantes de odontología fueron depresión y ansiedad. La depresión se presentó más en los estudiantes con rendimiento académico promedio (bueno).