Este artigo discute a importância de estudos naturalistas para observação de ambientes educacionais que visam aplicação prática do conhecimento acadêmico para sala de aula. A partir de três estudos realizados em um mesmo ambiente educacional, no qual a argumentação é sistematicamente praticada, se reflete sobre a importância da fundamentação metodológica e dos recursos analíticos na construção de um modelo qualitativo de ciência. Cada estudo é decorrente de uma pesquisa independente, com objetivos diferentes, os quais buscaram entender o impacto do desenho pedagógico nos processos psicológicos de alunos de um curso de Psicologia. A partir da reflexão se chama a atenção sobre as implicações práticas que advém da coerência entre o referencial epistemológico e as escolhas metodológicas e analíticas no contexto educativo e da aprendizagem, relação que garante a validez, confiabilidade e generalidade da pesquisa científica.