Objetivo: Evaluar la calidad de la certificación de la muerte general y por cáncer en Colombia.Métodos: Se describieron indicadores de validez para cada departamento y las ciudades de Bogotá, Cali, Manizales, Pasto y Bucaramanga. Se realizó un análisis factorial de componentes principales con el fin de identificar relaciones no evidentes.Resultados: Se analizaron 984,159 defunciones, dentro de las cuales había 164,542 muertes por cáncer. El 93.7% de la mortalidad general estaba bien certificada. Los errores predominantes fueron signos, síntomas y afecciones mal definidas. El 92.8% de la mortalidad por cáncer estaba bien certificada. Los errores predominantes fueron cánceres de sitio mal definido.Conclusiones: Los indicadores de calidad de certificación en Colombia mejoraron. Ante el buen comportamiento de los indicadores de calidad de la certificación de la muerte general y por cáncer, se considera que ésta es un insumo válido para la estimación de incidencia de cáncer.