As nações desenvolvidas têm promovido o avanço de metodologias de gestão que otimizem o desempenho da Administração Pública, cujos alicerces são a direção, o controle e a accountability das organizações. Neste contexto, e tendo por base a concepção de instituições internacionais das áreas da Administração, Contabilidade e Auditoria, o objetivo deste artigo é analisar a adequabilidade dos Sistemas de Controle Interno Organizacional (SCIO) em funcionamento nas Unidades Gestoras (UG) do Comando da Aeronáutica (COMAER) do Brasil, valendo-se das percepções dos seus agentes responsáveis. Constatou-se que OS SCIO do COMAER revelam uma aderência moderada às boas práticas internacionais de controle interno, embora se conclua que, nalgumas áreas, essa aderência permaneça ainda num estágio inicial.