El objetivo de este estudio fue caracterizar la comunidad de insectos acuáticos asociados a Eichhornia azurea (Schwartz) Kunth en cuatro ciénagas de la cuenca media y baja del río Atrato (Chocó-Colombia) durante los periodos de aguas altas y bajas; igualmente se evaluó la influencia de las variables ambientales y fisicoquímicas sobre esta comunidad. Durante dos meses se hicieron colectas de insectos acuáticos asociados a las raíces de E. azurea, utilizando un cuadrante de un m2, dotado de una malla de 0,5 mm, con tres replicas por ciénaga y simultáneamente se midieron algunas variables físicas y químicas del agua. La comunidad estuvo compuesta por 6 órdenes, 21 familias y 28 géneros. El mayor número de organismos (55,39%) y de taxones (23) se registró en el periodo de aguas bajas. Los órdenes más abundantes fueron Ephemeroptera (37,55%) y Coleoptera (26,77%), sobresaliendo las familias Baetidae y Noteridae respectivamente; mientras que la mayor riqueza taxonómica fue para coleópteros, dípteros y hemípteros. No se presentaron diferencias significativas en la diversidad y dominancia entre periodos hidrológicos (p>0,05), pero si en la riqueza específica (p<0,05). Los grupos funcionales de mayor abundancia fueron predadores (54,81%) y colectores (43,70%). Las variables fisicoquímicas hídricas no mostraron diferencias significativas entre periodos hidrológicos y se presentaron asociaciones entre la entomofauna acuática y las variables abióticas analizadas, principalmente con el oxígeno disuelto, la conductividad y los sólidos totales disueltos.