El objetivo del estudio fue conocer el efecto en reposo de algunas variables electrocardiográficas en perros Border Collie practicantes de la disciplina deportiva Agility en gran altitud (2600 msnm). Se evaluaron 15 perros (grupo atletas), pertenecientes a diferentes equipos de «agility» de la ciudad de Bogotá D.C., Colombia y 16 perros Border Collie no practicantes de actividades deportivas (grupo no atletas) de la misma ciudad. Las variables electrocardiográficas analizadas, en electrocardiografía de 5 min fueron: análisis de poder espectral con los componentes de alta y baja frecuencia y balance LF/ HF (simpático/vagal). Dentro del método de dominio de tiempo se determinó el promedio de RR (NN) y SDNN. En 100 latidos consecutivos se midió la duración de QRS y QT, corregido por la fórmula de Van de Water (QTcV) y hallada su variabilidad por desviación estándar (SDQT). Se realizó observación de la dispersión de QT de cada uno de los individuos usando un gráfico de Poincaré. Los perros del grupo de atletas evidenciaron valores de HF más altos y de LF y LF/HF más bajos que el grupo de perros no atletas (p<0.05). Así mismo, los valores de RR y SDNN, longitud de QRS e intervalo QT fueron mayores en los perros atletas (p<0.05). No se encontraron diferencias entre los grupos en QTcV y SDQT. Los resultados obtenidos evidencian diferencias claras en varios componentes de la variabilidad de frecuencia cardíaca (VFC) entre perros Border Collie atletas y no atletas, con actividad diferenciada del sistema nervioso autónomo. El ejercicio y la altitud serían responsables de los hallazgos en QT y QRS.