La endometritis bacteriana en las yeguas, es una de las causas mas comunes de falla reproductiva y de problemas de subfertilidad en los equinos. A causa de diagnosticos inadecuados, los tratamientos antibioticos generalmente fracasan aumentando los casos de infertilidad en las hembras. En el presente reporte de casos se describe la comparacion de dos tecnicas citologicas a nivel endometrial en tres yeguas criollas colombianas las cuales de forma historica presentaron signos de infeccion uterina; para ello se tuvo en cuenta animales con secrecion vaginal muco-purulenta, edema uterino grado 5, historial de reabsorcion embrionaria, entre otros. Para cada yegua se realizo examen clinico reproductivo teniendo en cuenta parametros como la conformacion perineal y cierre vulvar; vaginoscopia y evaluacion ecografica del cuerpo del utero, cuernos y ovarios. La comparacion citologica se realizo mediante dos tecnicas, la primera se realiza mediante el citocepillo (adaptado para yeguas), por medio del cual se toman seis muestras endometriales (3 dorsales y 3 ventrales), la muestra obtenida se fija en un portaobjetos; en la tecnica de lavado de bajo volumen se hace una infusion intrauterina con 200 ml de solucion salina fisiologica, la cual permite una muestra completa de toda el area superficial del endometrio, la muestra obtenida es recolectada en un tubo ependor de 20 ml. Se toma una muestra de cultivo endometrial para cada yegua mediante hisopado, todas las muestran son enviadas al laboratorio bajo refrigeracion y en un plazo menor a 2 horas. Segun los resultados obtenidos para las dos tecnicas se describe variaciones significativas en la reaccion leucocitaria, el porcentaje de celulas polimorfonucleares y la morfologia celular. En los resultados del cultivo bacteriano se obtuvo que dos de las tres yeguas tuvieron crecimiento de Enterobacter sp.