Cette contribution a pour objectif de montrer que les conflits jouent un rôle essentiel dans les processus de gouvernance territoriale de l’environnement. Elle s’appuie sur l’étude de cas du bassin versant du lac de Tota, plus grand lac de Colombie, aujourd’hui menacé par le développement de plusieurs activités économiques, et en particulier par la culture intensive de la ciboule. Dans un contexte de surexploitation et de pollution de l’eau du lac, on assiste depuis quelques années à l’exacerbation de conflits environnementaux entre des acteurs dont les intérêts divergents s’affirment un peu plus chaque jour : communautés rurales, autorités environnementales, association environnementale (Montecito). Révélateurs des mutations profondes de ce territoire, ces conflits vont contribuer à la prise en compte des problèmes environnementaux et permettre aux différents acteurs d’infléchir des décisions. Toutefois, la mise en place de nouvelles formes de coordination entre ces acteurs reste encore une importante source d’oppositions. En témoigne la concurrence entre deux structures de gouvernance (Mesa de trabajo Permanente et Consejo de Cuenca) qui met en lumière les rapports de pouvoir entre les pouvoirs publics et la société civile.