Se determinó la prevalencia de Cystoisospora suis en lechones lactantes y cerdas madres en granjas porcinas de la región central de Venezuela. El estudio se condujo en granjas de tres tamaños y con antecedentes de diarrea neonatal: granjas pequeñas (<150 madres), medianas (150-500 madres) y grandes (>500 madres). Se examinaron 572 camadas y sus madres. Las muestras se cultivaron en dicromato de potasio al 2.5% y procesadas mediante la técnica de flotación-centrifugación, utilizando una solución saturada de NaCl enriquecida con solución azucarada. C. suis se encontró en 55 granjas (82.1%) y 210 camadas (36.7%), con los mayores valores de prevalencia en las dos primeras semanas de vida (p<0.05), pero sin diferencias estadísticas entre tamaños de granja. El 9.4% de las cerdas se encontraron infectadas y, de estas, el 89% de las camadas resultaron positivas a C. suis, dando una correlación significativa entre la positividad de lechones y sus madres (r=0.55; p<0.05). Los resultados demuestran que C. suis se encuentra ampliamente distribuida en la región central de Venezuela, indistintamente del tamaño de la granja.