Resumen de la tesis: Las legumbres son el segundo cultivo con mayor produccion mundial despues de los cereales, por lo que su importancia para consumo animal y humano es crucial. El haba (Vicia faba), el guisante (Pisum sativum) y el caupi (Vigna unguiculata) son especies de leguminosas con interes agronomico en la Union Europea. El objetivo de esta tesis fue la seleccion de variedades de estas especies, mediante tecnicas de fenotipado, genotipado y analisis transcriptomico, que permitira la obtencion de lineas de mejora con cualidades nutricionales y agronomicas optimas para una produccion sostenible y competitiva de proteinas en Europa. Dentro de las cualidades nutricionales nos centramos sobre todo en la cantidad de proteina en semilla. Y en cuanto a las caracteristicas agronomicas nos centramos en la resistencia a estres hidrico y en la productividad. Dentro de los estudios realizados con el caupi, en el primero de ellos se evaluaron 12 genotipos en tres localizaciones distintas de la Peninsula Iberica para determinar los componentes de la varianza y su estabilidad genetica y ambiental. Los resultados mostraron variaciones interesantes entre las accesiones estudiadas las cuales podrian incorporarse en un programa de mejora. En cuanto al haba y el guisante, se hizo un analisis de genotipado de diferentes accesiones europeas. En este estudio se uso un protocolo simple codificando las muestras permitiendo el genotipado de material vegetal basado en un numero minimo de lecturas de secuencias mediante Next-Generation Sequencing (NGS). Los resultados demostraron la viabilidad de NGS para genotipar multiples muestras usando la codificacion de estas. Adicionalmente se estudio en caupi si la sintesis de proteinas de esta leguminosa esta controlada por el reloj circadiano de la planta, donde se uso una linea de referencia. Para ello se analizaron la expresion de genes de referencia (como ELONGATION FACTOR 1-A), de ritmo circadiano (VuLHY, VuTOC1, VuGI y VuELF3,) y de almacenamiento de proteinas (VuLEG, VuLEGJ, y VuCVC) en distintos tejidos de la planta (hojas, vainas y semillas) con diferentes estadios de desarrollo. Con este estudio se confirmo que la sintesis de proteinas de almacenamiento puede estar regulada por el ritmo circadiano de la planta. Hay que tener en cuenta los cambios en la expresion genica afectados por el ritmo circadiano, para poder analizar los patrones de la expresion de estos genes, por ejemplo para analizar las accesiones que difieren en el contenido de proteinas. http://repositorio.bib.upct.es/dspace/