El presente artículo muestra las implicaciones del uso de diferentes herramientas evaluativas durante el proceso de enseñanza-aprendizaje del concepto respiración en seres vivos. Para esto se diseñaron dos instrumentos de evaluación; uno de ellos el cual denominamos cuestionario estructurado, el cual ofrecía a los estudiantes una serie de preguntas cerradas, las cuales podían resolverse mediante el uso de bancos de respuestas obtenidos de medios externos (internet, literatura relacionada o indagación a terceros). El segundo instrumento es la elaboración de mapas conceptuales pues al ser una herramienta no limitante, permite una interacción más flexible entre conceptos lo cual refleja una clara observación de los posibles problemas en el proceso enseñanza-aprendizaje. Como principal resultado se evidencia que la herramienta evaluativa que más aporta en este tipo de evaluación son los mapas conceptuales.