Presentamos la sistematización de la planeación y ejecución de distintas secuencias didácticas para la enseñanza de las Ciencias, por parte de futuros docentes en el Programa de Licenciatura en Ciencias Naturales: Física, Química y Biología de la Universidad Surcolombiana, (Neiva- Colombia); con el objetivo de conocer su aporte en la construcción del Conocimiento Profesional y a su vez contribuir con alternativas que permiten mejorar las metodologías del Programa y la cualificación curricular en lo relacionado con los contenidos de enseñanza de los futuros docentes y las estrategias de enseñanza empleadas en los espacios de Didáctica I y Didáctica II. Desde esta perspectiva, se concreta el problema de investigación mediante la siguiente pregunta: ¿Cómo contribuyen las actividades de integración de los seminarios de Didáctica I y Didáctica II a la construcción del Conocimiento Profesional del Profesor de Ciencias en los estudiantes del Programa Curricular de Licenciatura en Ciencias Naturales de la Universidad Surcolombiana?. Este estudio está enmarcado en un enfoque cualitativo interpretativo, que emplea el método de análisis de contenido, donde tomamos como fuentes de información algunas producciones escritas de los docentes en formación, durante el primer semestre del año 2016. Los resultados que se presentan visualizan específicamente datos encontrados en cada diseño de clases, evidenciando según lo planteado por los futuros docentes las principales categorías y tendencias en redes de hallazgos. Específicamente abordamos aportes sobre: aprendizaje, dificultades de enseñanza-aprendizaje, estrategias de enseñanza, evaluación, finalidades de enseñanza y rol docente- estudiante.