La cuantificacion de coliformes totales en el estuario del rio Rancheria es un factor importante tanto para las actividades agricolas como para la vida urbana. La zona esta formada por diferentes cauces de agua que conforman un estuario dinamico y complejo. Uno de los criterios mas usados para la determinacion de la calidad del agua es la medicion de coliformes totales. Con el objetivo de estudiar la distribucion espacial y temporal de estos elementos se colectaron muestras de agua en cinco zonas diferentes y se analizo el contenido de coliformes totales mediante la tecnica Numero mas probable NMP. Los muestreos se realizaron cada mes, el primero en el mes de septiembre de 2014 y el mes de agosto de 2015. Los resultados establecieron diferencias en la distribucion tanto espacial como temporal de los microorganismos analizados. Los mayores valores de colifores totales se encontraron en las zonas mas bajas o de mayor recorrido del agua, asi como en las mas cercanas a los centros urbanos o a las explotaciones agricolas. La epoca seca coincidio con los menores valores de coliformes totales, e igualmente los menores valores observados coincidieron con las menores temperaturas del agua.