Se evaluó la actividad antimicrobiana de extractos etanólicos y fracciones en n-hexano, acetato de etilo, diclorometano y agua-etanol obtenidos a partir de semillas y cáscaras de Citrus sinensis y Citrus limonia, sobre los fitopatógenos Aspergillus niger, Botrytis cinerea, Phytophthora cinnamoni y Rhizopus oryzae. El efecto inhibitorio de los diferentes extractos se midió sobre el crecimiento micelial, la esporulación y sobre los daños en la micromorfología de los microorganismos por los métodos densidad óptica y difusión en agar; los extractos fueron caracterizados por cromatografía de capa delgada, verificándose la presencia de metabolitos secundarios de tipo flavonoide, alcaloide y limonoide. Se presentó un comportamiento diferencial en cuanto a la actividad antimicrobiana de los diferentes tratamientos siendo los más activos los diclorometánicos de las cáscaras, y en este orden con mayor actividad en la fracción diclorometánica de C. limonia. Se observó efecto inhibitorio sobre los microorganismos, el cual fue dependiente de la concentración, apreciándose daños micromorfológicos sobre hifas y estructuras reproductivas, como esporangios y conidios a concentraciones cercanas a los 7 mg/ml. Los resultados sugieren que residuos de la agroindustria de cítricos como las cáscaras son fuente de metabolitos, con potencial antimicrobiano en el control de fitopatógenos de importancia agrícola.