El principio de oportunidad ha sido entendido como una institución que le permite al ente fiscal o al ministerio público (como se le denomina en otros países) suspender, interrumpir o desistir del ejercicio obligatorio de la acción penal; por ello, en la Ley 906 de 2004 se prevé un amplio catálogo de causales que le posibilitan a la Fiscalía definir en qué eventos procede esa figura. No obstante, en el desarrollo de este trabajo se advierte que los más destacados límites para su aplicación se corresponden con la imposibilidad de aplicarlo, cuando la investigación penal recae sobre crímenes de lesa humanidad o graves violaciones a los derechos humanos y el derecho internacional humanitario. En ese orden de ideas, aquí, luego de resaltar los controles mencionados, se ponen en contexto los beneficios punitivos y procesales otorgados a los integrantes de las FARC-EP con ocasión de la terminación del conflicto armado, a partir de lo cual se busca precisar si el llamado Nuevo Acuerdo Final con esa agrupación, respeta o no los límites en la aplicación del principio de oportunidad.