El objetivo de este trabajo fue estudiar la variabilidad genética de caballos criollos (Equus caballus) mediante genes asociados al pelaje. Se realizaron muestreos entre enero y mayo de 2016 en cinco poblaciones de la ciudad de Valencia. Se realizó la caracterización fenotípica de los animales adultos presentes en las fincas, atendiendo a los marcadores autosómicos de codificación morfológica Extension, Agouti, Cream, Gris, White, Tobiano, Overo y Roan. Los resultados mostraron ausencia de los marcadores White y Overo, mientras que los marcadores Extension y Agouti fueron los de mayores frecuencias, posiblemente favorecidas por selección artificial, debido a temperamento y astucia respectivamente. Las poblaciones se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg, exhibieron exceso de homocigotos y altos valores de flujo genético.