Las levaduras de los géneros Malassezia y Candida forman parte de la microbiota normal en piel y mucosas de humanos y otros animales; sin embargo, han sido poco estudiadas en el canal auditivo porcino. El objetivo del presente estudio fue identificar la microbiota levaduriforme aislada a partir de hisopados del canal auditivo porcino. Se realizaron aislamientos primarios de 25 muestras (16 y 9 cerdos con y sin secreción serosa marrón, respectivamente) en Agar Dixon y Agar Sabouraud con cloranfenicol. Se describieron las características morfológicas macroscópicas y microscópicas de las colonias obtenidas; además, se realizaron pruebas bioquímicas, fisiológicas y moleculares para su identificación. Se recuperaron 55 aislados, cuya identificación molecular evidenció la presencia de M. sympodialis (42.8%), M. slooffiae (28.6%), M. furfur (18.4%) y M. pachydermatis (8.2%).