Introdução: Na atualidade, coexistem dois modelos contrapostos que têm servido como marco para a avaliação e tratamento da deficiência: o modelo reabilitador e o social. No entanto, em 2001, a OMS recorre uma terceira via de interpretação através da sintetização destes modelos, que derivam na Classificação Internacional do Funcionamento, a Deficiência e a Saúde (CIF). Objetivo: Avaliar a deficiência através da CIF, em pacientes com defeitos congênitos atendidos em um hospital de quarto nível da cidade de Cali. Materiais e métodos: Estudo transversal que incluiu 40 pacientes (crianças e adolescentes) com defeitos congênitos e seus perfis de funcionamento obtidos através da CIF. Resultados: As funções que com maior frequência reportaram-se alteradas no componente corporal foram as mentais; as neuromusculoesqueléticas e de movimento; as do sistema digestivo, metabólico e endócrino, e as sensoriais. No componente de atividades e participação, as limitações centraram-se na aprendizagem básica, mobilidade e comunicação. No componente de fatores contextuais, os profissionais da saúde e a tecnologia para brincar, foram os principais facilitadores reportados. Conclusões: A utilização de ferramentas integrais como a CIF para a avaliação, intervenção e seguimento dos pacientes com defeitos congênitos, permitirá considerar ao fenômeno da deficiência como um problema de origem social e, principalmente, como um assunto centrado na inclusão das pessoas na sociedade.