En el Golfo de Morrosquillo se registraron mayores niveles de indicadores fecales durante octubre (época de lluvia) que en marzo (época seca), debido al incremento de las precipitaciones y el aumento de caudal de ríos y arroyos que contribuyeron al aporte de nutrientes, sedimentos y coliformes totales hacia el Golfo de Morrosquillo. Sin embargo, al integrar la valoración de variables fisicoquímicas y microbiológicas, a través de un índice de calidad del agua, se determinó que las condiciones del cuerpo hídrico se clasifican en media y buena, con relación a la época climática y a la cercanía a las ciudades costeras como Tolú y Coveñas; evidenciando cambios en la calidad por deficiencia en el saneamiento público o por cambios en aportes continentales provenientes del río Sinú, y que marcan la dinámica de nutrientes y las características propias del agua (concentración de sólidos suspendidos, coliformes totales y fecales, salinidad, oxígeno disuelto, temperatura y transparencia).