Introducción. El ADN mitocondrial ha demostrado su utilidad para el estudio de la evolución en los insectos. Existen algunos genes mitocondriales como el citocromo b (Cytb) y el gen de transferencia para el aminoácido serina (SertRNA) que pueden usarse en el diagnóstico de especies estrechamente relacionadas.Objetivo. Explorar la utilidad filogenética de la región Cytb-SertRNA-IG1-ND1 para detectar posibles especies crípticas en Anopheles neivai.Materiales y métodos. Se recolectaron especímenes en Colombia, Guatemala y en la localidad tipo en Panamá, los cuales se secuenciaron y se compararon mediante el polimorfismo de ADN en toda la región y mediante la simulación de estructuras secundarias del gen SertRNA.Resultados. Se obtuvieron las secuencias de especímenes de A. neivai (34) y A. pholidotus (2).Conclusiones. Se detectaron algunos polimorfismos para la regiónCytb-SertRNA-IG1-ND1 en A. neivai, pero no así especies crípticas.