El uso de organismos genéticamente modificados (OMG) ha generado grandes expectativas en el desarrollo de agrocultivos. Sin embargo, se originan incertidumbres sobre efectos causales sobre la artropofauna benéfica asociada al cultivo de algodón. En el presente estudio se evaluó la diversidad de la artropofauna asociada al agroecosistema algodón Bt y convencional en el departamento de Córdoba-Colombia, en la temporada de cultivos de algodón 2013-2014, en los meses comprendidos entre octubre y marzo. Se capturaron artrópodos mediante cinco métodos de muestreo de acuerdo al micro hábitat, se colectaron 23,787 individuos, registrándose en total 240 taxones agrupados en 25 especies y 215 morfoespecies; el orden más abundante fue Hemiptera y el de mayor riqueza fue Coleoptera. La diversidad en ambos cultivos fue similar con una riqueza de 0D= 240 para el convencional y 0D= 233 para el transgénico, la diversidad alfa para el convencional fue 1D= 36.39 y para el transgénico 1D= 33.39, en cuanto a la diversidad beta entre ambos cultivos presentó un valor 1.013 con q= 0, q= 1 y q= 2 fue de 1.001, los resultados mostraron que la diversidad de artrópodos para cultivos transgénico y convencional no fue diferente y no se observaron diferencias significativas entre ambos cultivos.