El objetivo de este estudio fue analizar la estructura genética de gatos domésticos (Felis catus) en ambientes rurales de Lorica, Colombia, utilizando marcadores morfológicos del color. Se hizo una clasificación fenotípica de 134 individuos distribuidos en tres poblaciones, atendiendo a la presencia o ausencia de los marcadores autosómicos Nonagouti, Blotched tabby, Dilution, Pelo largo, Manchado de blanco y Dominante blanco y el marcador Orange ligado al sexo. El marcador Blotched tabby fue el de mayor frecuencia y muestra una posible selección natural, mientras que Dominante blanco evidenció los valores más bajos. Las poblaciones mostraron ausencia de equilibrio Hardy- Weinberg. Asimismo, se evidenció un exceso de homocigotos, y se encontró diferencias entre poblaciones y poco flujo genético entre ellas. El polimorfismo de genes que codifican el color de gatos en hábitats rural, probablemente difieran de las condiciones domésticas en hábitat urbano.