En éste estudio se realizó la caracterización molecular mediante la técnica RAPD, usando los cebadores 10N y 19N, en poblaciones de Streptococcus agalactiae de leche de vacas con mastitis del departamento de Boyacá-Colombia, con el fin de identificar la variabilidad genética intraespecifica. Se realizaron amplificaciones al azar, para 10 aislamientos de ubre, 12 en cantinas de recolección y tres controles negativos (Streptococcus mutans, Streptococcus faecalis, Streptococcus pneumoniae). Se encontraron perfiles más similares para las amplificaciones de las muestras tratadas con los cebadores en la leche de la ubre, que los perfiles en las muestras aisladas de cantinas. El grado de similitud entre las muestras se analizó con UPGMA, mediante el índice de Jaccard, el cual identificó mayores variaciones genéticas en aislamientos bacterianos de cantina de recolección que los de la leche de la ubre. Estas variaciones genéticas surgen de la interacción entre poblaciones de microorganismos de diferentes hatos que logran llegar a estos medios de almacenamiento, aumentando el número de polimorfismos que pueden estar relacionados con la presencia de genes de resistencia a antibióticos.Palabras clave: RAPD, Streptococcus agalactiae, UPGMA y variación genética.