Los humedales desempeñan un papel fundamental desde una perspectiva ecológica y socioeconómica. Contrario a la idea ya obsoleta de lugares insalubres y de poca productividad, hoy son considerados ecosistemas estratégicos, amortiguadores de crecientes, sitios especiales de conservación de biota y cruciales por los servicios ecosistémicos que prestan. Partiendo de una revisión bibliográfica referente al estado ecológico de los humedales en Colombia en los últimos 15 años, se analizó cuáles son los factores, problemáticas e impactos más frecuentes y comunes que se presentan en 29 humedales colombianos. Se aplicó una metodología prospectiva, mediante el software MICMAC®, con el fin de conocer y priorizar los factores que son más sensibles a la transformación del ecosistema y sobre los cuales habría que tomar acciones de mitigación, preservación y/o conservación. Se encontró que los procesos urbanísticos son un factor de alto impacto en el deterioro del humedal. Se pudo comprobar la potencialidad y robustez del software MICMAC® como herramienta de análisis prospectivo, lo cual podría ser usado por las autoridades ambientales para mejorar la toma de decisiones respecto a qué hacer, cómo actuar y qué esperar de los factores y problemáticas que se presentan en los humedales.