Objetivo: describir los factores médicos-administrativos y las condiciones familiares, sociales y clínicas en los servicios de medicina interna y cirugía general que influyen en la prolongación de la estancia en el Hospital de San José de Bogotá DC, de enero 1 a febrero 1 de 2015. Materiales y métodos: estudio transversal, se aplicaron las pruebas APGAR, Pfeifer y una encuesta sobre variables sociodemográficas y clínicas, la información se obtuvo a partir de las historias clínicas con análisis estadístico descriptivo y de diferencias por medio t de Student, ANOVA y regresión logística. Resultados: se incluyeron 470 pacientes, edad promedio 52 años (DS=19.0), 52.6% eran mujeres; 26,7% presentó estancia prolongada de 1,3 días. El deterioro cognitivo, las infecciones, las patologías cardiovasculares y las demoras por falta de dispositivo médico se asociaron con la estancia prolongada (regresión logística p<0.05). Conclusiones: considerar la estancia hospitalaria prolongada como indicador de calidad y trazador de los procesos además de monitorizarla en forma sistemática. Deben evaluarse los costos directos e indirectos para el control de los recursos. Abreviaturas: EHP, estancia hospitalaria prolongada.