Resumen: un sistema ontológico como herramienta en un dominio o subdominio especifico, relaciona o interactúa con conjunto de partes armonizadas de un conocimiento real. En la ciencia de la computación está llena de desafíos, debido que experimenta una alta demanda de aplicaciones aun inexploradas en diferentes disciplinas, que permiten acumular y utilizar información de una manera ágil y organizada; en este caso, se desarrolla un prototipo ontológico, que permitirá monitorear ecosistemas dulceacuícolas mediante el componente biótico de una manera rápida y eficiente en la valoración de la calidad de agua. Palabras clave: Ontologías, Representación de Conocimiento, Indicador de calidad del Agua, Macroinvetebrados Acuáticos.