Se presenta una alternativa para generar una estructura de clasificación de pacientes a partir de sus factores de riesgo cardiovascular, mediante la implementación de mapas autoorganizados de Kohonen. Se desarrolló una aplicación en Matlab® que automatiza la búsqueda de los parámetros para el diseño y entrenamiento de un mapa de Kohonen, a partir de un conjunto de datos de pacientes, y que posteriormente los clasifica a partir de la similaridad de sus factores de riesgo. Se clasificaron 190 pacientes colombianos y se comparó la clasificación resultante respecto a la propuesta por el estudio de Framingham en los Estados Unidos, de predicción de riesgo cardiovascular, encontrando características similares entre los métodos de clasificación; no obstante, se observó que es posible identificar grupos de pacientes en la muestra clasificada utilizando mapas auto-organizados, que no se identifican mediante la clasificación del estudio de Framingham.