Introducción. La resistencia a metronidazol es un factor clave asociado con el fracaso del tratamiento contra la infección por Helicobacter pylori. Aunque la resistencia se asocia principalmente con mutaciones en la nitroreductasa RdxA, estudios en esta proteína de H. pylori en Popayán – Colombia son aún incipientes. Objetivo. Evaluar la frecuencia de mutaciones en la nitroreductasa RdxA en una población de pacientes con enfermedad gastroduodenal H. pylori positivo.Materiales y métodos. El ADN de 170 biopsias gástricas fue amplificado por PCR para detectar las mutaciones en la nitroreductasa RdxA. Se realizó análisis de las secuencias traducidas a aminoácidos y se comparó con la cepa de referencia 26695.Resultados. La frecuencia de mutaciones en la nitroreductasa RdxA en la población de estudio fue 78%. Su distribución más frecuente, fue encontrada en las posiciones: D59N (153 muestras); R131K (101 muestras); R90K (97 muestras); A118T (42 muestras), I160F (32 muestras), H97T (26 muestras) y en los codones de parada Q50*; D59*; E75*; C159*; I160* (5, 1, 3, 10 y 6 muestra) respectivamente. El genotipo de virulencia más frecuente fue vacAs1/m1 cagA negativo, (48,6 %).Conclusiones. La alta frecuencia de mutaciones en la nitroreductasa RdxA en aislamientos de H. pylori en la ciudad de Popayán – Colombia indica que terapias empíricas con metronidazol podrían no ser una opción válida para la erradicación de H. pylori en pacientes de la población estudiada del departamento del Cauca.