El objetivo del presente trabajo fue caracterizar genéticamente poblaciones silvestres y cultivadas de P. magdalenae usando marcadores moleculares tipo RAMs en la zona del bajo San Jorge, Departamento de Sucre. Para ello, de 80 ejemplares silvestres de cuatro sitios y 40 ejemplares cultivados de dos empresas, fue extraído el ADN y amplificado por PCR con siete cebadores RAMs. Todos los cebadores fueron polimórficos, con valores que variaron de 93,33% en el cebador CA hasta 99,17% en AG, este mismo cebador presentó el mayor valor de He (0,469 ± 0,005), mientras que el cebador CCA, presentó el menor (0,321 ± 0,010). En las poblaciones silvestres de P. magdalenae, el sitio SBA fue el más diverso (He: 0,194 ± 0,028) y el sitio CAI el menos diverso (0,150 ± 0,029), para un promedio de He de 0,167 ± 0,019 que fue menor al promedio de la población cultivada (He: 0,194 ± 0,002). El análisis de la estructura poblacional reflejo mayor variación dentro que entre de las poblaciones con valores de FST moderados y altos, indicando bajo flujo de genes entre sitios y entre las poblaciones silvestres y cultivadas que se evidencia en los dendrogramas. Se concluye que esta estructura genética puede ser debida a barreras fisiográficas naturales o artificiales y que la mayor diversidad en la población cultivada puede deberse a un adecuado manejo reproductivo o efectos de endogamia en la población silvestre.