El objetivo de éste estudio fue determinar la diversidad de bacterias endófitas asociadas a la especie vegetal Lippia origanoides de la subregión sabanas en el Departamento de Sucre, Colombia y evaluar su actividad antimicrobiana contra Colletotrichum gloeosporioides y Burkholderia glumae. Se utilizó la técnica de desinfección superficial de tejidos y el aislamiento se realizó en medio de cultivo agar R2A. La densidad poblacional (UFC/g de tejido) se estimó por conteo directo de colonias en placa. Las significancias estadísticas entre densidad poblacional, con relación a tejidos y sitio, se realizó mediante análisis multifactorial y prueba múltiple de rango (Tukey). Las bacterias endófitas que presentaron inhibición contra los microorganismos patógenos fueron sometidas a un proceso de extracción de metabolitos secundarios. La prueba antimicrobiana, antifúngica y de metabolitos secundarios se llevaron a cabo mediante ensayos de confrontación y estimación cualitativa. Los resultados muestran que existe una densidad poblacional de bacterias endófitas asociadas a plantas de orégano serrano y la abundancia está relacionada con el tejido. Ninguno de los morfotipos presentó actividad antimicrobiana para B. glumae. Uno de los morfotipos tuvo actividad antifúngica frente a C. gloeosporioides y se le realizó extracción de metabolitos para determinar la actividad antifúngica a partir de suspensiones celulares.