Introduccion: durante los procedimientos odontologicos se producen aerosoles formados por particulas inorganicas, bacterias, hongos y virus que pueden ser fuente de infecciones por potenciales agentes patogenos y causa de morbilidad para otros pacientes y para los profesionales prestadores de la atencion clinica. La utilizacion de quimio-profilacticos orales preoperatorios ayuda a disminuir la carga microbiana en los ambientes clinicos. Se evaluo la utilidad de la profilaxis con Clorhexidina sobre la presencia de bioaerosoles bacterianos en una clinica odontologica de Santa Marta. Metodos: Se seleccionaron aleatoriamente 40 pacientes; 11 hombres y 29 mujeres. Mediante asignacion aleatoria se conformaron dos grupos, el primero por 20 pacientes a quienes se les aplico tratamiento profilactico mediante enjuague en boca con 10 cc de Clorhexidina al 0,2% y el segundo con 20 pacientes a quienes se les instauro profilaxis con 10cc de cloruro de sodio al 0.9%. Durante el tratamiento odontologico se utilizo medios de cultivo solidos para medir la carga bacteriana presente en el aire ambiental. Resultados: Se encontro diferencia significativa entre los tratamientos. Se observo menor numero de Unidades Formadoras de Colonias (UFC) Staphylococcus aureus p=0,035 y Estreptococos orales p=0,015 al utilizar Clorhexidina respecto al uso de Cloruro de Sodio. Conclusiones: El uso preoperatorio del enjuague con Clorhexidina al 0,2% es una alternativa en la disminucion de la carga microbiana del ambiente en la practica clinica odontologica como medida para evitar infecciones cruzadas.